Le haut-commissaire est l'exécutif du territoire et, à ce titre, le représente. Il prépare et exécute les délibérations du congrès et de sa commission permanente et notamment le budget. Il est l'ordonnateur du budget du territoire et peut déléguer ses pouvoirs d'ordonnateur à des fonctionnaires relevant de son autorité, à l'exception du pouvoir de réquisition prévu au sixième alinéa de l'article 72. Les services du territoire sont placés sous son autorité.
Le haut-commissaire nomme à tous les emplois des services territoriaux. Il nomme également les directeurs d'offices ou d'établissements publics territoriaux, les commissaires du territoire auprès desdits offices et établissements publics et les représentants du territoire au conseil de surveillance de l'institut d'émission d'outre-mer.