Le comptable spécial du Centre national de la fonction publique territoriale est assisté par les agents comptables spéciaux secondaires placés auprès de chaque délégué régional ou interdépartemental.
Le comptable spécial principal et les agents comptables spéciaux secondaires sont chargés des missions et exercent les contrôles prévus par le décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 susvisé.
Le comptable spécial produit annuellement à la Cour des comptes le compte de sa gestion, appuyé des pièces justificatives des dépenses et des recettes.
Les agents comptables spéciaux secondaires transmettent journellement au comptable spécial principal les écritures comptables relatives à leur délégation régionale ou interdépartementale.
Ils transmettent mensuellement les mandats, les titres et les pièces justificatives de ces écritures.