La caisse nationale de l'industrie est administrée par un conseil d'administration de dix membres comprenant deux représentants de l'Assemblée nationale et le représentant du Sénat, le directeur général de la caisse des dépôts et consignations ou son représentant, une personnalité choisie par le ministre de l'économie et des finances en raison de sa compétence financière et cinq représentants de l'Etat nommés pour trois ans par décret.
Les représentants de l'Etat sont nommés sur proposition du ministre de l'économie et des finances pour deux d'entre eux, sur proposition du ministre délégué chargé du budget pour un d'entre eux et sur proposition du ministre de l'industrie pour deux d'entre eux.
Le président du conseil d'administration est nommé par décret pour trois ans.