L'observatoire exerce sa mission sous l'égide de la CPNEFP, agissant en qualité de comité paritaire de pilotage où sont représentées les organisations professionnelles et organisations syndicales. Le statut des membres du comité paritaire de pilotage et les modalités de participation aux réunions sont ceux relatifs à la CPNEFP.
La CPNEFP, agissant en qualité de comité paritaire de pilotage, fixe les orientations de l'observatoire, valide les travaux et décide de la diffusion des informations.
L'observatoire rend compte périodiquement à la CPNEFP des travaux qu'il réalise, notamment pour ce qui concerne l'évolution quantitative et qualitative des emplois et des qualifications de la branche.