La commission élit un(e) président(e) et un(e) vice-président(e) n'appartenant pas au même collège. La présidence et la vice-présidence changent de collège tous les 2 ans. Le secrétariat est assuré par un représentant de l'OPCO.
La CPNGF se réunit autant de fois que les parties l'estiment nécessaire et au minimum deux fois par an.