La présidence de la CPPNI est composée d'un(e) président(e) et d'un(e) vice-président(e).
La CPPNI choisit parmi ses membres un(e) président(e) et un(e) vice-président(e), chacun(e) appartenant respectivement et alternativement aux organisations professionnelles d'employeurs ou syndicales de salariés. Ils sont désignés par alternance pour une période de 2 ans.
La présidence de la CPPNI assure la convocation des membres aux réunions, et adresse l'ordre du jour décidé en réunion par les membres de la CPPNI 8 jours au moins avant la réunion.
Par ailleurs, elle adresse dans le même délai, sauf circonstances exceptionnelles, les éventuels documents transmis par les délégations.
La présidence organise les débats afin d'assurer des échanges constructifs et le bon déroulement des négociations, et organise le secrétariat de l'instance. Elle réalise après chaque réunion un relevé des positions et des décisions prises en réunion soumis à l'approbation lors de la réunion suivante, et l'adresse dans un délai raisonnable de 15 jours à chaque membre de la CPPNI.