Les proximités d'activité et la réalité des parcours professionnels rendent incontournable la mutualisation des réflexions entre CPNEF de différentes branches professionnelles. Dès lors, la CPNEF peut avec un mandat de la CPPNI, engager une démarche proactive vis-à-vis de CPNEF d'autres branches, qu'elles soient rattachées ou non au même OPCO, dès lors que les problématiques d'emploi, de qualification ou les mobilités professionnelles justifient des coopérations.
Les projets interbranches portent notamment sur la création de certifications communes, la mise en place de passerelles intercertifications, la conception et la mise en place d'actions collectives de formation, des expérimentations de mutualisation d'emplois, des travaux d'ingénierie ou d'études-actions partagés aux plans régionaux, nationaux et européens.
S'agissant de projets interbranches, des réflexions sont proposées en premier lieu sur le périmètre de l'OPCO via le conseil de filière et peuvent ensuite être étendues plus largement à d'autres branches professionnelles.