La CPNEF fonctionne conformément aux règles prévues au règlement intérieur des commissions paritaires.
Pour assurer pleinement ses missions ci-dessus définies, la CPNEF peut autant que de besoin se doter de sous-commissions chargées d'assurer pleinement et exclusivement, par délégation de la CPNEF, des missions thématiques qui leur sont rattachées.
La CPNEF définit elle-même la composition et les modalités de fonctionnement de ces sous-commissions.
Chaque sous-commission rend compte de ses travaux à la CPNEF et est force de propositions. La CPNEF, dans sa formation plénière, examine ces propositions et prend toutes décisions de nature à lui permettre d'atteindre les objectifs fixés par cet accord. Le cas échéant, elle peut saisir la CPPNI de la négociation d'un avenant ou d'un accord.
Les partenaires sociaux s'accordent d'ores et déjà pour créer une sous-commission chargée de l'observation et dénommée observatoire paritaire des métiers et qualifications, et une sous-commission chargée de la question des certifications professionnelles.