La CPNEF est composée de deux collèges :
– un collège « salarié » composé des représentant(e)s désigné(e)s par chacune des organisations syndicales de salarié(e)s représentatives dans la branche des organismes de formation (deux par organisation) ;
– un collège « employeur » composé de représentant(e)s en nombre identique à celui du collège « salarié », désigné(e)s par les organisations d'employeurs représentatives dans la branche des organismes de formation. La répartition des sièges entre les organisations d'employeurs représentatives est fixée conformément aux règles qu'elles ont déterminées entre elles par protocole.