En complément des missions telles que définies par l'accord du 22 février 1996, la CPNEFP est un organe paritaire de réflexion et de promotion de l'emploi et de la formation professionnelle. En matière de formation professionnelle, elle a notamment pour mission de participer à la politique de branche, en tenant compte des résultats de ses travaux en matière d'études sur l'emploi de la branche et de ceux de l'observatoire prospectif des métiers.
Elle contribue également à la définition des priorités de branche en matière de professionnalisation et de CPF et participe à la définition et à la création des formations professionnelles ou techniques spécifiques à la branche.