La rémunération pendant le congé de transition professionnelle est définie par les articles D. 6323-18-1 et suivants du code du travail.
Le salarié est considéré comme stagiaire de la formation professionnelle et bénéficie du maintien de sa protection sociale et est couvert contre le risque d'accident du travail. Le temps passé en formation est assimilé à du temps de travail effectif pour le calcul des congés payés, de l'ancienneté et des droits qui y sont liés. Le salarié en congé de formation conserve le droit d'exercer des mandats de représentant du personnel ou syndical. Il reste également électeur et éligible aux élections professionnelles.
Il doit justifier de sa présence en formation, et à l'issue, il réintègre son poste de travail ou un poste équivalent sur le lieu où il exerçait son travail avant la réalisation de son PTP.