Chaque CPNEFP détermine les niveaux de prise en charge du contrat qu'elle transmet aux instances de l'OPCO 2i. Pour établir le niveau de prise en charge, la CPNEFP prend en compte les travaux réalisés au sein de la commission « Alternance ».
Ces propositions sont transmises à France compétences pour validation.
Ce niveau de prise en charge est établi en fonction du domaine d'activité du titre à finalité professionnelle ou du diplôme préparé. Il correspond à un montant annuel forfaitaire.
En fonction des recommandations de chaque CPNEFP, ce montant peut être majoré ou minoré par l'OPCO 2i. Dans l'objectif de développer l'alternance, la CPNEFP tient compte, dans la détermination de la majoration ou de la minoration à appliquer à la prise en charge, en particulier des difficultés d'insertion des publics formés et des partenariats conclus entre les CFA privés et les CFA bénéficiant de subventions publiques notamment avec l'Éducation nationale et l'enseignement supérieur, et visant à mutualiser les moyens et à promouvoir des parcours de formation en complémentarité.
Par ailleurs, dans le cadre de sa politique d'aménagement du territoire et de développement économique, la région peut contribuer au financement des dépenses de fonctionnement d'un CFA en majorant la prise en charge des contrats d'apprentissage assurée par l'OPCO 2i. À cette fin, une convention d'objectifs et de moyens peut être conclue entre la région et l'OPCO 2i qui en informe la CPNEFP de la branche concernée.
Dans l'objectif de développer les partenariats avec les régions, chaque CPNEFP établit une recommandation aux instances de l'OPCO 2i identifiant les situations prioritaires en matière de soutien à l'apprentissage au regard des besoins en compétences des entreprises, au plus proche des bassins d'emploi, en particulier pour les formations utiles à faibles flux.