En complément de ses missions, la CPNEFP définit les priorités de financement au titre des fonds mutualisés (légaux et conventionnels) en s'appuyant sur les orientations générales en matière de formation présentées par les caisses nationales et l'UCANSS.
Elle détermine les niveaux de prise en charge des dispositifs de l'alternance, notamment des contrats de professionnalisation, d'apprentissage et du dispositif de promotion ou de reconversion par l'alternance (Pro-A). À cet égard, elle fixe les coûts des formations relevant de l'alternance ainsi que les modalités éventuelles de prise en charge de la rémunération des stagiaires.