Si au cours de la période de suspension du contrat de travail prévue aux articles 23 et 24, l'entreprise est amenée à envisager la rupture définitive du contrat, l'employeur doit respecter la procédure prévue aux articles 30 et 31 notamment.
Le salarié qui bénéficie d'un congé régi par l'article 23 de la convention est tenu de respecter les délais de prévenance de reprise ou de non-reprise du travail prévus dans chaque cas particulier par la réglementation ou la convention. La rupture du contrat peut notamment être envisagée lorsque à l'issue d'un congé sollicité par le salarié et après mise en demeure de l'employeur, ce dernier n'a pas repris son poste sans en avoir dûment justifié auprès de son employeur.
Si la maladie ne constitue pas en elle-même un motif susceptible de fonder un licenciement, l'employeur peut être contraint de mettre fin au contrat du salarié en arrêt de travail pour maladie ou accident d'origine non professionnelle, pour pourvoir à son remplacement définitif lorsque cette absence perturbe le fonctionnement de l'entreprise. Dans ce cadre, le licenciement pourra intervenir au terme de la garantie conventionnelle d'emploi prévue à l'article 24.3.
Cette disposition ne restreint pas la possibilité pour l'employeur de rompre le contrat de travail du salarié en arrêt de travail pour un autre motif que la perturbation du fonctionnement de l'entreprise en raison de son arrêt de travail, notamment pour inaptitude, pour motif disciplinaire ou économique.
En tout état de cause, l'employeur est tenu de mettre en œuvre une procédure de licenciement conformément aux dispositions légales en vigueur étant précisé que la procédure de licenciement et le motif retenu pourront dans certains cas, être privatifs de préavis et d'indemnité de licenciement.