Chaque entreprise établit, une déclaration annuelle sur l'obligation d'emploi des travailleurs handicapés (DOETH) dans les conditions légales et réglementaires en vigueur. Lorsque l'entreprise comprend plusieurs établissements, la déclaration et le versement sont effectués par un seul de ses établissements.
Chaque année, HandiEM présente à la commission paritaire nationale de l'emploi des industries de santé (CPNEIS) un bilan de l'année écoulée et les orientations de l'année suivante de la branche sur l'application du présent accord.
À cette occasion, la CPNEIS peut émettre des avis et recommandations sur la politique conduite par HandiEM.
Le suivi du nombre de contrats (par type et durée de contrat) de personnes en situation de handicap, sera présenté annuellement au conseil d'administration de HandiEM.