La charge du secrétariat est assurée par la branche. Les frais de réunions et des personnes mandatées par la CPNEFP pour réaliser des missions en son nom, sont pris en charge par la branche.
Afin de pouvoir remplir correctement ses missions, il est créé au sein de la CPNEFP deux commissions : une commission certification et une commission alternance.
D'autres commissions pourront, si nécessaire, être créées sur proposition de la CPNEFP, validées par la CPPNI.