L'ANFA est administrée par un conseil de gestion (ci-après dénommé « le conseil ») composé de 20 membres dûment mandatés à cet effet par les organisations d'employeurs et de salariés visées à l'article 1er, alinéa 1 des présents statuts.
Un observateur, pris en charge par l'organisation dont il dépend peut être nommé par chaque membre. Il peut, en cas d'absence du titulaire, assurer sa suppléance sur mandat pour ledit conseil de gestion concerné et dans le cadre des règles de prise en charge déterminées pour ce mandat.
Le conseil de gestion est réparti en deux collèges, de la façon suivante :
| CNPA | 6 sièges | CFDT | 2 sièges |
| FNA | 2 sièges | CFE-CGC | 2 sièges |
| ASAV | 2 sièges | CFTC | 2 sièges |
| CGT | 2 sièges | ||
| FO | 2 sièges |