La mise en œuvre et le suivi du régime de frais de santé sont confiés à la « Commission paritaire nationale de santé » dans les termes de l'article 15 de l'accord frais de santé modifié.
Les modalités selon lesquelles sont fournies les données nécessaires au reporting, à la gestion et au pilotage sont décrites dans le protocole technique et financier. les organismes assureurs apportent en outre, d'une façon générale, toute information d'ordre économique, technique ou juridique susceptible d'en favoriser l'analyse.