La CPPNI de la branche « Ports et manutention » est composée de dix représentants des organisations syndicales représentatives des salariés, répartis en fonction de la représentativité de chaque organisation au niveau de la branche, ainsi que d'un nombre équivalent de représentants des organisations patronales représentatives, répartis à parité entre les deux domaines d'activité, Ports et manutention.
En tout état de cause, chaque organisation représentative au niveau de la branche dispose d'au moins un siège au sein de cette instance.
Chaque organisation représentative membre de la CPPNI pourra se faire représenter librement au sein de cette instance, dans la limite du nombre de sièges dont elle dispose.