Les jours d'absence pour maladie sont pris en compte pour déterminer le nombre de jours travaillés prévu par la convention de forfait. En conséquence, l'employeur réduit le nombre de jours devant être travaillés prévu par le forfait, en déduisant le nombre de jours d'absence pour maladie.
De manière générale, toutes les absences indemnisées, les congés et les autorisations d'absence d'origine conventionnelle ainsi que les absences pour maladie non rémunérées sont déduites du nombre annuel de jours travaillés fixé dans la convention de forfait. Ces congés et absences autorisées ne réduisent pas le nombre de jours de repos du salarié. Ils sont indemnisés ou donnent lieu à une retenue sur salaire, suivant leur nature et leur origine.