En dehors des cas où elle siège en tant que commission d'interprétation, les décisions concernant le fonctionnement de la CPPNI nécessitant un vote, sont prises selon les dispositions suivantes :
Chaque membre d'un collège a le nombre de voix égal au nombre de membres de l'autre collège.
(Par exemple : 6 salariés et 3 employeurs siègent, chaque salarié a 3 voix et chaque employeur a 6 voix, donc chaque collège a le même nombre de voix.)
Quand elle se réunit en commission d'interprétation elle se prononce à la majorité des membres présents ou représentés.