L'observatoire fonctionne selon les modalités de la CPNEFP. Les membres élus en tant que président et vice-président sont les mêmes que ceux élus au niveau de la CPNEFP.
Le secrétariat est assuré par un représentant de l'OPCA.
L'OPCA est chargé de fournir toutes informations utiles à la réalisation des travaux techniques.
L'OPCA réalise des travaux techniques pour l'observatoire, tant au niveau national qu'au niveau régional. Les travaux réalisés sont transmis à la CPNEFP et aux CPREFP.
Les CPREFP doivent faire remonter toutes données techniques pouvant intéresser l'observatoire.