Les organisations signataires dotent la commission de deux types d'organes : un organe délibérant et un organe exécutif.
6.1. L'organe délibérant est composé de tous les membres désignés pour siéger à la commission.
Cet organe est investi du pouvoir de décision dans le cadre de délibérations prises en bonne et due forme.
Il est aussi compétent pour statuer en interprétation du présent accord.
Au sein du « collège de référence », chaque organisation dispose d'un siège avec voix délibérative et d'un siège avec voix consultative. L'autre collège dispose de droits symétriques à ceux du collège de référence.
6.2. L'organe exécutif est composé d'un président et d'un vice-président.
Cet organe est investi du pouvoir de mettre à exécution les délibérations prises par l'organe délibérant ainsi que du pouvoir de représenter la commission et d'assurer son administration courante.
Le président et le vice-président sont élus pour une durée de 4 ans chacun par un collège.
La présidence et la vice-présidence sont alternativement assurées par un membre du collège employeurs et un membre du collège salariés élu chacun par son collège.
Le président assure le secrétariat de la commission et le vice-président le secrétariat adjoint.