La CPNE-FP désigne en son sein un(e) président(e) et un(e) vice-président(e) dont la durée du mandat est fixée à 2 ans.
Le poste de président doit être assuré alternativement par un représentant employeur et un représentant salarié. Le poste de vice-président est automatiquement occupé par un représentant de l'autre collège.
Le président et le vice-président sont désignés par leurs collèges respectifs.
La première présidence sera assurée par un représentant de la délégation employeur.
Le président et le vice-président représentent ensemble la commission dans le cadre de ses activités.
En cas de vacance d'un poste, il est procédé dans les meilleurs délais à la convocation d'une réunion chargée d'organiser une nouvelle désignation.