Les décisions sont prises à la majorité simple des membres présents ou représentés, dûment mandatés, sous réserve du respect de la parité du nombre de voix entre chaque collège.
En cas de vote, chacune des organisations syndicales de salariés dispose d'une seule voix.
Si aucune majorité de voix ne peut se dégager, il est procédé à une nouvelle délibération tendant à la recherche d'un consensus, et suivie d'un vote. Si aucune majorité ne peut se dégager, l'examen du sujet en cause est reporté à une nouvelle réunion qui doit se tenir dans le mois suivant.
Tous les deux ans, la commission désigne parmi ses membres un président et un vice-président. Le président et le vice-président sont désignés par leur collège respectif.
A chaque renouvellement, la répartition des postes se fait alternativement entre le collège employeurs et le collège salariés.
A la signature de l'accord, et pour la première période biannuelle, la présidence sera assurée par le collège employeurs.
Le président et le vice-président représentent la commission dans le cadre de ses activités. Ils assurent la tenue des réunions, la préparation et l'exécution des décisions de la commission. Ils préparent les ordres du jour de la commission.
La CPNE devra se réunir au moins deux fois par an et à chaque fois qu'elle est convoquée par le président et le vice-président, ou sur demande de la majorité des membres de l'un des collèges et ce, dans un délai maximal d'un mois à compter de la saisine.
Un procès-verbal est établi pour chaque séance et approuvé lors de la séance suivante.
Le collège employeurs assumera les charges du secrétariat de la CPNE.