L'association est administrée par un conseil d'administration paritaire composé d'un représentant de chaque organisation syndicale de salariés, représentative dans la branche et signataire du présent accord, ou qui y adhérerait ultérieurement, ainsi qu'un nombre égal de représentants de l'UTP.
Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an et autant de fois qu'il l'estime nécessaire sur convocation du président et du vice-président par lettre simple, au moins 15 jours avant la réunion.
Tout administrateur peut se faire représenter par un autre administrateur du même collège en lui donnant procuration.
En cas de vacance d'un poste d'administrateur, il est immédiatement pourvu à son remplacement par l'organisation syndicale ou professionnelle l'ayant désigné.
L'organisation syndicale ou professionnelle ayant désigné un membre du conseil d'administration peut lui retirer son mandat et désigner un nouveau membre.
Le conseil d'administration élit pour 2 ans un président et un vice-président en alternance dans l'un et l'autre collège. Chaque collège propose son candidat au poste.
De même, le conseil d'administration élit pour deux ans un trésorier, issu du collège du vice-président, et un trésorier adjoint, issu du collège du président. Chaque collège propose son candidat au poste.
Le président et le vice-président veillent au bon fonctionnement de l'association dans le cadre des pouvoirs qui leur sont conférés par les statuts de l'association, les délibérations du conseil d'administration et le règlement intérieur.
Le président et le vice-président animent les réunions du conseil d'administration.
Ils représentent conjointement l'association en justice et dans les actes de la vie civile.
Le trésorier et le trésorier adjoint assistés d'un comptable sont chargés de l'élaboration du budget, du contrôle de son exécution et du contrôle de la régularité des opérations financières engageant l'association de gestion du fonds du dialogue social.
Ils présentent chaque année devant le conseil d'administration les comptes de l'exercice en présence du comptable et de l'expert-comptable chargé de la certification des comptes.
La comptabilité est tenue conformément aux principes comptables par un comptable ou cabinet comptable choisi par le conseil d'administration.
Un expert-comptable est choisi par le conseil d'administration pour 2 ans renouvelables. Il présente au conseil d'administration lors de l'approbation des comptes un rapport sur les comptes.
Ce rapport sera également adressé aux membres de la commission paritaire nationale des transports urbains.
L'association se dotera d'un règlement intérieur qui fixera notamment les modalités pratiques de fonctionnement telles que ordre du jour et PV des réunions…
Le secrétariat de l'association est tenu par l'UTP.