La commission élit en son sein un président et un vice-président dont la durée du mandat est fixée à 2 ans. Toutefois, lorsque l'un des postes devient vacant avant cette échéance, il est procédé à une nouvelle désignation. Le poste de président doit être assuré alternativement par un représentant employeur et un représentant salarié.
Le poste de vice-président est automatiquement occupé par un représentant de l'autre collège. Le président et le vice-président ont le même droit de vote que les autres représentants titulaires de la commission. Le vice-président préside les réunions en cas d'empêchement du président.