Le secrétariat de la commission est assuré par le collège des employeurs. Le secrétariat est chargé de la réception des demandes de validation et de la vérification du contenu du dossier. Le secrétariat assure la convocation aux différentes réunions.
Cette convocation indique la date, l'heure et le lieu de la réunion, ainsi que la liste des accords qui seront examinés lors de cette réunion, en vue de leur validation. Le secrétariat rédige le procès- verbal des réunions de la commission. Le secrétariat notifie les décisions de la commission.