Les frais de fonctionnement de l'observatoire sont assurés par l'OPCA de l'IPC au titre de la collecte des contributions formation professionnelle dues par les entreprises de l'intersecteurs papiers-cartons et dans la limite d'un montant fixé par voie réglementaire.
Chaque année, la CPNEF arrête, sur la base d'un plan d'actions à venir ainsi que d'un bilan de celles réalisées, un budget annuel d'activité. Ce dernier est transmis à l'OPCA de l'IPC.
Les travaux de l'observatoire, et notamment les honoraires d'études, sont financés au titre de la collecte des contributions formation professionnelle dues par les entreprises de l'intersecteurs papiers-cartons citées ci-dessus ; ils peuvent être cofinancés par tout autre partenaire ou financeur (Etat, conseil régional, autres observatoires…).