La CPNEF se réunit au moins quatre fois par an.
L'animation et le secrétariat de la CPNEF sont confiés à l'union intersecteurs pour le dialogue et l'ingénierie sociale (UNIDIS). Celle-ci se dote d'une direction formation professionnelle et développement « ressources humaines ».
Les décisions de la CPNEF sont entérinées conformément aux règles applicables à la négociation collective de branche. Elles font l'objet d'un relevé de décisions réalisé par le secrétariat.
Alternativement, la présidence et la vice-présidence de la CPNEF sont respectivement assurées par un représentant de la délégation salariale et par un représentant de la délégation patronale, et ce pour une durée de 1 an.