L'instance de santé et conditions de travail est présidée par l'employeur ou son représentant. Un minimum de quatre réunions annuelles est à tenir. Ces réunions sont considérées comme du temps de travail effectif. Un crédit de 2 heures par réunion et par salarié participant est attribué pour la préparation de celle-ci.
L'ordre du jour est défini sous la responsabilité de l'employeur. Chaque membre de l'ISCT peut soumettre à l'employeur de nouveaux points à cet ordre du jour au plus tard 15 jours avant la prochaine instance.
L'ordre du jour est communiqué aux membres de l'instance, au minimum 10 jours avant la réunion.
Un compte rendu est rédigé conjointement par les membres à la fin de chaque réunion et celui-ci est diffusé auprès des salariés, à minima par voie d'affichage sur un panneau réservé à cet usage. Il contient aussi les points que l'ensemble des participants souhaite aborder lors de la prochaine réunion, ainsi que la date de la prochaine instance.