En cas de rupture du contrat de travail, le CET du salarié peut être transféré vers le nouvel organisme employeur, si le salarié en fait la demande avant la fin de son préavis. Le transfert est subordonné à un accord écrit entre les deux organismes employeurs.
En l'absence de transfert, le salarié perçoit une indemnité correspondant à la conversion monétaire de l'ensemble des droits qu'il a acquis et qui se trouvent sur le CET.
L'indemnité est égale au produit du nombre d'heures inscrites au CET par le taux horaire du salarié en vigueur à la date de la rupture.