Le FAFIH établit des comptes annuels selon les principes et méthodes comptables définis par la réglementation. Un bilan financier, quantitatif et qualitatif, comportant des informations sur son activité au niveau national et régional est diffusé auprès de l'administration du travail et du FPSPP après approbation du conseil d'administration.
Dès l'origine, le FAFIH a mis en place une comptabilité analytique au titre des contributions qu'il a été habilité à collecter. Il en sera de même pour les dispositifs pour lesquels une nouvelle demande d'agrément va être déposée en 2011 à l'appui du présent accord paritaire.
Les ressources du FAFIH sont soit conservées en numéraire, soit déposées à vue, soit placées à court terme.
Deux commissaires aux comptes, experts comptables agréés, désignés par chacun des deux collèges – employeur et salarié – sont chargés de vérifier la régularité des opérations comptables du FAFIH et de lui faire, au moins une fois par an et obligatoirement en fin d'exercice, un compte rendu de leurs observations. La durée de leur mandat est de 6 années renouvelables.