La présidence de la commission est assurée alternativement par un membre du collège employeur et un membre du collège salarié élu par le collège auquel il appartient.
La vice-présidence de la commission est assurée alternativement par un membre du collège salarié et un membre du collège employeur, élu par le collège auquel il appartient.
Le président et le vice-président sont choisis dans deux collèges différents.
Le président ainsi que le vice-président sont élus pour un mandat d'une durée de 2 ans.
Au cas où le titulaire d'un de ces postes vient à quitter cette fonction, le collège dont il émane pourvoit à son remplacement jusqu'à la fin du mandat restant à courir.
Le président et le vice-président représentent ensemble la commission dans l'ensemble de ses activités. Ils assurent la tenue des réunions, la préparation et l'exécution des décisions de la commission. Ils préparent et arrêtent l'ordre du jour des séances. Ils signent les procès-verbaux de validation ou de non-validation des accords examinés par la commission. Ils rendent compte chaque année de l'exécution de leur mandat.
En cas d'absence du président, le vice-président préside la réunion de la commission.