L'évaluation est assurée, sous le contrôle de l'organisme certificateur, par une commission d'évaluation composée de deux évaluateurs.
Dans le cas de la VAE, l'instruction et la validation de la recevabilité du dossier du candidat sont déléguées par la CPNEFP à l'organisme certificateur. Le dossier de validation est évalué selon les mêmes modalités auxquelles s'ajoute un entretien entre le candidat et la commission d'évaluation.
Les résultats des commissions d'évaluation sont examinés par la CPNEFP qui est le jury de délivrance des CQP. Le jury délivre tout ou partie du diplôme. Dans le cas d'une validation partielle, le candidat conserve le bénéfice des pôles acquis pendant 5 ans, à compter de la date de la délivrance.