L'organisme assureur procède aux versements des prestations au vu des décomptes originaux des prestations en nature ou le plus souvent grâce à la télétransmission établie avec les caisses primaires d'assurance maladie, ou le cas échéant encore sur pièces justificatives des dépenses réelles.
Les prestations garanties sont versées soit directement aux salariés, soit aux professionnels de santé par tiers payant. En l'absence de télétransmission par les organismes de base en cas de consultation d'un praticien du secteur non conventionné, le salarié doit transmettre à l'organisme assureur une facture détaillée établie par son médecin ; à défaut, l'indemnisation se fera sur la base de la garantie prévue pour les actes conventionnés.
Les modalités pratiques complémentaires du règlement des prestations (pièces justificatives) seront détaillées dans le contrat de garanties collectives signés avec la commission paritaire et repris dans les conditions particulières d'adhésion remises à l'entreprise ainsi que la notice d'information remise aux salariés.