Les salariés bénéficient des congés payés annuels dans les conditions prévues par la législation en vigueur et par l'article 14 de la partie relative à « l'organisation et à l'aménagement du temps de travail dans le fret ferroviaire », intégrée à la convention collective nationale de branche de ce secteur, soit 25 jours ouvrés par an.
Les droits à congés s'acquièrent du 1er juin de l'année précédente au 31 mai de l'année en cours, à condition que le salarié ait travaillé chez le même employeur pendant un temps équivalent à un minimum de 10 jours de travail. Une autre date, correspondant notamment à l'année civile, peut être fixée par une convention ou un accord collectif en cas d'aménagement du temps de travail sur une période supérieure à la semaine.
Les congés peuvent être pris dès l'ouverture des droits, par anticipation et avec l'accord de l'employeur, sans toutefois remettre en cause le pouvoir de l'employeur en matière de détermination de l'ordre des départs et des règles relatives à la période de prise des congés.
La période pendant laquelle les congés peuvent être pris est établie par l'employeur, en se référant aux usages et après consultation des délégués du personnel et du comité d'entreprise. Le personnel doit avoir connaissance de la période des congés retenue dans l'entreprise au moins 2 mois avant le début de cette période.
A l'intérieur de la période des congés, l'ordre et les dates de départs individuels sont fixés par l'employeur dans le respect de la législation en vigueur.
L'ordre des départs est communiqué à chaque salarié 1 mois avant son départ, et affiché dans les locaux normalement accessibles aux salariés.
De plus, l'ordre et les dates de départ ne peuvent être modifiés dans ce délai de 1 mois avant la date prévue du départ, sauf en cas de circonstances exceptionnelles.
Les conjoints et les partenaires liés par un pacte civil de solidarité travaillant dans la même entreprise ont droit à un congé simultané.
En outre, chaque salarié doit bénéficier d'une période continue d'au moins 10 jours ouvrés de congés pendant la période du 1er mai au 31 octobre de chaque année.
De plus, la durée des congés pouvant être pris en une seule fois ne peut excéder 20 jours ouvrés, sauf dérogation individuelle de l'employeur pour les salariés qui justifient de contraintes géographiques particulières.