Lors de sa première réunion, l'un des collèges de la CPNV élit en son sein un secrétaire et l'autre collège élit un secrétaire adjoint. Leur mandat a une durée de 1 an, avec permutation de ces deux fonctions selon le principe de l'alternance paritaire.
Le secrétaire convoque la CPNV, dirige les débats et signe le procès-verbal de ses réunions.
La CPNV se réunit tous les 2 mois, selon un calendrier fixé annuellement.
La convocation est adressée nominativement à chaque membre, au moins 15 jours à l'avance. La convocation est accompagnée d'une copie de l'ensemble des dossiers parvenus au secrétariat de la CPNV à cette date.
La CPNV ne délibère valablement que si la moitié au moins de ses membres sont présents au sein de chaque collège. Si le quorum n'est pas atteint, la CPNV est à nouveau convoquée dans les 15 jours qui suivent ; lors de cette nouvelle réunion, elle se prononce à la majorité des membres présents de chaque collège.
Les pouvoirs ne sont pas admis, chaque membre empêché étant en mesure de se faire remplacer par son suppléant.