La Crepsa est administrée par un conseil de 26 membres comprenant pour moitié des représentants des adhérents et pour moitié des représentants des participants pris parmi ceux-ci.
Les administrateurs représentant les adhérents sont désignés par la fédération française des sociétés d'assurances et le groupement des entreprises mutuelles d'assurances.
Les administrateurs représentant les participants sont désignés par les organisations syndicales représentatives au niveau de la branche : CFDT, CFE-CGC, CFTC, CGT et CGT-FO, ces organisations les choisissant parmi toutes les catégories de personnel ayant la qualité de membre participant. Un représentant au moins des membres participants a obligatoirement la qualité de retraité.
Les administrateurs représentant les participants sont désignés par les organisations syndicales à raison, pour chacune d'elles, d'un nombre de sièges fixé d'après le nombre de voix qu'elles ont respectivement obtenu sur le plan professionnel aux élections des délégués du personnel les plus récentes, étant précisé, toutefois, que chaque organisation syndicale dispose d'au moins un siège.
Pour le cas d'empêchement ou d'absence, il est désigné, dans les mêmes conditions, un nombre égal de membres suppléants.