Une indemnité de séjour est attribuée aux praticiens-conseils affectés dans les départements de la Martinique, de la Guadeloupe, de la Réunion et de la Guyane. Cette indemnité est égale à 12 % du salaire brut.
Dans les départements d'outre-mer où les prix des logements sont particulièrement élevés, une indemnité de logement est accordée en sus du salaire.
Le calcul de cette indemnité suit les modalités de calcul arrêtées par la CGSS pour l'indemnité de logement due à ses agents. L'indemnité ne peut pas excéder 13 % du salaire annuel. En aucun cas cette indemnité ne doit couvrir en totalité les dépenses correspondantes.