Le secrétariat est assuré par le secrétariat technique paritaire, sous la responsabilité du président de la commission. Il est composé du président et du vice-président, et de deux membres de la CPNE appartenant à chacun des collèges. Le secrétariat technique se tient au siège de CSMF, rue de la Tour-Maubourg.
Les décisions de la commission sont paritaires, elles font l'objet d'un vote par collège, les décisions ne sont adoptées que si respectivement, dans chacun des deux collèges, elles ont recueilli la majorité simple des voix des membres présents ; s'il y a un désaccord entre les deux collèges, le président reporte la proposition à l'ordre du jour de la prochaine réunion de la CPNE. La décision est prise par vote individuel à la majorité simple des membres présents, à bulletin secret. Cette décision est formalisée par une délibération qui est rendue publique par le secrétariat de la commission.