Compte tenu des fluctuations d'horaires inhérentes au principe de l'annualisation, la rémunération mensuelle des salariés auxquels est appliquée une répartition du temps de travail sur la période d'annualisation (ou sur une partie de la période) est lissée sur la base de l'horaire moyen effectif de 35 heures de travail.
En cas de périodes non travaillées donnant lieu à indemnisation par l'employeur, telles que arrêt maladie, accident, congés légaux et conventionnels, périodes de formation, l'indemnisation due est calculée sur la base de la rémunération lissée.
En cas d'absence ne donnant pas lieu à rémunération ou à indemnisation, la rémunération lissée du salarié concerné est adaptée par abattement correspondant à la durée de l'absence.