Le secrétariat de la CPNE est assuré par les organisations du collège employeur.
Le nom des représentants de chaque organisation syndicale doit lui être adressé par chaque organisation.
La CPNE est présidée chaque année alternativement par le collège salarié ou le collège employeur. La première présidence étant assurée par la délégation patronale.
Chaque président est désigné par son collège pour une durée de 1 année civile. Un vice-président est également désigné parmi le collège n'assurant pas la présidence annuelle.
La CPNE se réunit au minimum deux fois par an sans formalisme particulier.
L'ordre du jour de la réunion est arrêté conjointement par le président et le vice-président. Il incombe toutefois à la présidence de le faire parvenir à tous les membres de la commission au moins 2 semaines à l'avance, sauf cas d'urgence.
Les avis ou décisions sont formulés par accord entre le collège employeur et le collège salarié, la position exprimée par chaque collège étant l'expression de la majorité des membres présents ou représentés dudit collège.
Le procès-verbal des séances est établi par le secrétariat de la commission. Il est normalement transmis aux membres de la commission dans le mois qui suit la réunion.
Il est considéré comme adopté en l'absence de remarque des destinataires dans un délai de 15 jours à compter de sa réception.
En cas de remarques, le président et le vice-président en prennent acte et les intègrent au procès-verbal qui est alors considéré comme définitivement adopté. Il est ensuite à disposition des directions des entreprises de la branche et des comités d'entreprise.