Sauf en cas de départ du salarié, l'entreprise examine chaque compte individuel d'heures avant le début du 12e mois de l'exercice de modulation pour l'apurer avant la fin de celui-ci.
Dans le cas où la situation de ces comptes fait apparaître que la durée du travail excède en moyenne sur 1 an la durée légale hebdomadaire du travail, les heures effectuées au-delà de cette durée ouvrent droit à une majoration de salaire de 25 % ainsi que, le cas échéant, au repos compensateur de 20 % institué par l'article L. 212-5-1 du code du travail. Ces heures sont rémunérées au plus tard à la fin de la période annuelle de modulation.
En outre, ces heures excédentaires ouvrent droit à un repos compensateur spécifique à moins que les heures effectuées au-delà de l'horaire moyen hebdomadaire légal n'aient donné lieu aux majorations légales prévues par l'article L. 212-5 du code du travail, ou à une contrepartie en repos équivalente.
De la même manière, dans le cas où le paiement effectif des heures prévues dans la modulation a été réalisé laissant apparaître sur l'année un différentiel en faveur du salarié, l'employeur pourra utiliser les derniers mois de la modulation pour régulariser cette situation, sans toutefois que les dispositions prises puissent obliger le salarié à dépasser le cadre de la durée absolue de travail effectif autorisée par la loi.
Un bilan annuel est remis aux délégués syndicaux présents dans l'entreprise et à la chambre patronale.