L'ordre du jour de chaque réunion est arrêté par le président en fonction des propositions faites par les 2 collèges 30 jours au moins avant la date de la réunion.
Le vote a lieu par collège ; les décisions ne sont adoptées que si, respectivement dans chacun des 2 collèges, elles ont recueilli la majorité des voix des membres présents ou représentés. S'il y a désaccord entre les 2 collèges, le président reporte la proposition à l'ordre du jour de la prochaine réunion, où la décision est prise par vote individuel des membres de la commission.
Tout membre empêché de participer à une réunion de la commission peut se faire représenter par un membre appartenant au même collège auquel il donne pouvoir. A cet effet, le nombre de pouvoirs est limité à 3 par membre présent.