Conformément à l'article C.2 de la convention collective nationale, la CNPE se réunit 3 fois par an (dont 1 fois à l'occasion de la discussion du rapport annuel sur l'évolution économique, la situation de l'emploi et l'évolution des salaires effectifs moyens).
Une à deux réunions extraordinaires ou plus, si les 2 collèges sont d'accord, peuvent se tenir à la demande écrite de l'un ou l'autre des 2 collèges transmise au secrétariat de la commission et signée par l'ensemble des organisations la composant.
Les convocations sont adressées nominalement à chacun des membres de la CNPE à l'adresse de son choix. En outre, un double de la convocation est adressé, pour information, au siège de chacune des organisations signataires.