Le conseil d'administration établit notamment la liste des actions de formation dont la prise en charge financière est agréée par le fonds d'assurance formation. Il prend les décisions relatives à l'utilisation de la masse commune qui est constituée au niveau du fonds d'assurance formation. Il établit le règlement intérieur du fonds.
Les administrateurs peuvent faire appel à des conseillers techniques d'organisations syndicales signataires ou d'organismes spécialisés compétents, rémunérés par le FAF.