Sont à la charge du fonds les frais de déplacement et de séjour, et les pertes de salaires des administrateurs occasionnés par l'exercice de leur mandat.
Lorsque l'administrateur mandaté par une organisation syndicale de salariés représentative à l'échelon national est un travailleur temporaire, le FAF-TT lui assure une indemnité sur la base du salaire brut de la mission en cours ou, s'il n'est pas en mission, de la mission qui précède, selon des modalités fixées par le conseil de gestion.
Pour les membres des commissions et groupes d'études mis en place par le conseil de gestion et convoqués par celui-ci, les pertes de salaire éventuelles et les frais de déplacement et de séjour sont à la charge du fonds dans la limite du budget annuel fixé par le conseil de gestion.
L'autorisation d'absence des administrateurs salariés, pour participer aux délibérations des organes de gestion ou d'étude du FAF-TT, est de droit, sous réserve d'une information préalable et motivée de l'employeur intervenant 15 jours avant la réunion. La durée de l'absence peut englober le temps nécessaire à la préparation des réunions, dans la limite d'une demi-journée au-delà du temps de réunion.