Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel établit un programme de contrôle a posteriori et d'analyse de circuits et procédures sur la base d'une analyse des risques qu'il a constatés soit dans l'exercice de ses missions, soit lors des travaux de contrôle interne financier ou dans les conclusions d'audits. Les risques identifiés peuvent porter sur la qualité de la comptabilité budgétaire ou sur la soutenabilité de la programmation et de son exécution. Le contrôleur budgétaire et comptable ministériel peut proposer au contrôleur d'un organisme d'être associé à un contrôle a posteriori ou à une analyse de circuits et procédures.