Un ou plusieurs magistrats du siège sont chargés des fonctions du juge de l'application des peines dans les tribunaux judiciaires dont la liste est fixée par décret. Il existe au moins un juge d'application des peines par département.
Ces magistrats sont nommés, conformément aux dispositions de l'ordonnance n° 58-1270 du 22 décembre 1958 portant loi organique relative au statut de la magistrature.
Si un juge de l'application des peines est temporairement empêché d'exercer ses fonctions, le président du tribunal judiciaire désigne un autre magistrat pour le remplacer.